Die Geschichte der ersten St. Antonius-Kirche beginnt im Jahre 1666, als der Bischof von Münster die Erlaubnis erteilte, in Papenburg einen Friedhof anzulegen. Dies wurde notwendig, da in diesen Jahren die Pest auch in der im Jahr 1632 gegründeten Fehnkolonie grassierte, und viele Tote zu beklagen waren. Der Friedhof wurde an der rechten Kanalseite angelegt, dort wo sich heute der Parkplatz hinter dem Kaufhaus Ceka befindet.
Im Jahr 1674 begann man den Bau einer Kirche in unmittelbarer Nähe des Friedhofes. Es war ein kleines Gotteshaus, das man heutzutage eher als Kapelle bezeichnen würde. Die Kirche war über 3 Fensterachsen ursprünglich 20 Meter lang und 11 Meter breit und schloss am Ende mit einem Chorraum ab. Im Jahr 1680 wurde dann die Pfarrei St. Antonius gegründet. Im Jahr 1682 kommt der Weihbischof aus dem Bistum Münster Niels Stensen (er wurde später selig gesprochen) auf seiner Visitationsreise nach Papenburg und weiht am 20 August diese Kirche und den Friedhof. Als Kirchweihfest legt er den letzten Sonntag im August fest.
In den Jahren 1777 bis 1778 wurde das Gotteshaus um die Hälfte vergrößert, indem man den Chorraum abriss und die Kirche um 2 Fensterachsen in voller Breite verlängerte. Die Länge betrug danach ca. 31 Meter. Außerdem wurde eine Orgelbühne eingebaut. Im Jahr 1799 wurde die erste Orgel beschafft. Zudem wurde ein neues Portal gebaut. Zwei Jahre später erhielt die Kirche einen neuen Hochaltar.
1868 kaufte die Gemeinde ein Grundstück zur Anlage eines neuen Friedhofes und zum Bau einer neuen Kirche, obwohl eine Gruppe einflussreicher Bürger den Kirchenneubau gerne unmittelbar neben der alten Kirche errichtet gesehen hätte, doch ließ sich dieser Plan nicht durchführen.
11. Dezember 1877: Einweihung der Kirche durch Bischof Johann Beckmann. Die Baukosten betrugen mit der bis 1881 beschafften Inneneinrichtung 378000 Mark. Die Ausmaße des Gebäudes waren für damalige Papenburger Verhältnisse gigantisch: 70 m lang, 35 m breit, Turmhöhe 88 m.
Mit den Kriegsjahren öffnet sich zu jeder Zeit ein dunkles Kapitel der Geschichte; nicht nur für die Menschen, die unter Angst und Entbehrungen leiden müssen. Auch Kirchen sind oft nicht vor der Zerstörung verschont geblieben. Zwar blieb unsere Antoniuskirche, Gott sei es gedankt, erhalten, doch unbeschadet blieb sie nicht. Die Außenfassade und der Turm waren durch Kriegseinflüsse beschädigt worden. Diese Schäden beseitigte man kurz nach dem Krieg. Im Jahr 1950 wurde ein neues Geläut geweiht, das durch aufopferungsvolle Spendenbereitschaft der Gemeinde beschafft werden konnte.
Die Kreuzkapelle wurde 1978 von dem Papenburger Architekten H.W. Blohm erbaut. Als Werktagskirche dient sie kleineren Gruppen als Gottesdienstort.
Im Jahr 1994 begann man nach langer Planung den Bau eines neuen Gemeindezentrums direkt hinter der Pfarrkirche. Man gab dem Gebäude den Namen „Niels-Stensen-Haus“.
In den Jahren 2019/20 wurde eine neue Orgel eingebaut. Die 1927 erbaute Walcker-Orgel erklang bis 2001 im Konzertsaal des Hans-Sachs-Hauses in Gelsenkirchen.